Beskrivning av kursen
Målet med kursen är att ge en 1) introduktion till de viktigaste stegen och frågeställningarna inom matematisk modellering inom biovetenskap och medicinska tillämpningar; och 2) en översikt av flera modelleringsmetoder och aktuella biologiska/medicinska frågeställningar i nyare forskning.
Kursen består av två delar: seminarier och projektarbete.
Seminarieföreläsningar ges av inbjudna talare (lokala och internationella experter inom biologisk modellering, både från akademi och industri).
Seminarier kommer att täcka följande modellering och biologiska ämnen (med reservation för ändringar beroende på tillgången på externa experter):
- (storskaliga) ODE-system
- stokastiska modeller och fördelningar
- spelteoretiska modeller
- agentbaserade (individbaserade) modeller
- farmakokinetiska/farmakodynamiska (PK/PD) modeller
- statistiska modeller för sekvensering och bilddata
- kombination av mekanistiska och maskininlärningsmodeller
- high-throughput sequencing och omics
- signalnät
- befolkningarnas evolution och ekologi
- infektionsdynamik
- motståndsdynamik och evolution
Projektarbete kommer att ge praktisk erfarenhet i modellering och kommer att utföras i par eller individuellt. Det består av implementering/analys av en matematisk modell vald från en lista med relevant litteratur, eller vald individuellt, t.ex. baserat på sin forskning (med examinatorns godkännande). Studenterna kommer att utföra beräkningssimuleringar och analysera modellen för att kritiskt bedöma dess begränsningar och potentiella förlängningar. De kommer att presentera projektarbetet för alla kursdeltagare (muntlig presentation) och sammanställa en slutrapport om deras resultat.
Behörighet och urval
Förkunskapskrav
Eleverna förväntas vara bekanta med vanliga differentialekvationer och matris-vektorformalism. Starka grundläggande kodningsfärdigheter (variabler, loopar, funktioner, datamanipulation, visualisering) på ett valfritt språk.
Urval
Ej tillämpligt
Kursplan
NFMV037
Institution
Institutionen för matematiska vetenskaper
Ämne
Naturvetenskap och matematik
Typ av kurs
Områdeskurs
Sökord
computational biology, mathematical biology, mathematical modelling, machine learning models