Beskrivning av kursen
Kursen vill ge en detaljerad förståelse och praktisk erfarenhet av att använda toppmoderna bioinformatiska analyser för egna biologiska forskningsfrågor. En viktig aspekt är att visa hur genomiska data kan användas för att adressera och besvara forskningsfrågor inom områdena genetik, ekologi, befolkningsbiologi, övervakning och bevarande av biologisk mångfald. Du kommer att utbildas i de senaste bioinformatiska metoderna för att analysera moderna sekvenseringsdata, som finns i många forskningsprojekt. Kursen omfattar grundläggande datorverktyg som krävs för att köra kommandoradsapplikationer, behandla sekvenseringsdata av hela genom / exom / restriction site digested (RAD) DNA för populära genomiska studier.
Kursens första del introducerar allmänna datorverktyg för nybörjare som UNIX-kommandoradsmiljön, bash-kommandon, dataformatering med regular expressions och grundläggande skript i unix-miljö med en serie exempel och övningar med en fjärrserver. Du introduceras i bioinformatiksprogramvara för analys av RAD-data och nedströms populationsgenetisk analys av genotypdata. Du får också en introduktion i grundläggande och avancerade koncept för dataanalys av populationen genomik såsom genom / transkriptom assembly, mappning, differentiellt genuttryck, funktionella berikningstester, SNP-genotyp, PCA, outlier-test.
Kursen motsvarar 1 1/2 veckas heltidsstudier och består av föreläsningar, demonstrationer och praktiska övningar.
Behörighet och urval
Förkunskapskrav
Antagen till forskarutbildning
Urval
När det finns fler behöriga sökande än antalet platser på kursen behöver ett urval göras enligt denna prioriteringsordning:
- Ett doktorandprojekt inom ramen för kursens ämnesområde.
- Behov av kursinnehållet för ditt doktorandprojekt, till exempel genom konkreta planer på dataanalys inom kursens ämnesområde i närtid. Stor vikt läggs vid detta och annat du beskriver i motivationsbrevet.
- Sökande från Göteborgs Universitet.
Övrig information
Denna kurs är en intensiv kurs som ges under fem dagar på Tjärnö marina laboratorium på Sveriges västkust. Det finns ingen kursavgift, men det finns en avgift för logi och mat. Studenterna måste själva ordna transport till och från kursen
Kursen är öppen för högst 18 deltagare, eftersom stora delar av kursen består av praktiska övningar. Målet är en bred blandning av studenter både från Göteborgs Universitet och utifrån, främst doktorander men även postdoktorer är välkomna att söka.
Kunskap om allmän molekylärbiologi och genetik är nödvändig, liksom viss tidigare erfarenhet av kommandoradsgränssnitt. Tidigare erfarenhet av att arbeta på en fjärrserver är också fördelaktigt. Inga tidigare kunskaper i bioinformatik behövs dock.
För mer information, var vänlig se den preliminära kurswebbsidan.
Länk till webbsida
https://sites.google.com/view/bioinformaticpipelines2023
Kursplan
NMAR302
Institution
Institutionen för marina vetenskaper
Ämne
Naturvetenskap och matematik
Typ av kurs
Metodkurs
Sökord
Bioinformatics; genome assembly; RAD-seq; population genomics